Es ist eine Besonderheit, dass mitten durch den Ort die Grenze zwischen den Pfarreien Kühbach (früher Unterschönbach) und Weilach verläuft. In Stockensau erscheinen im 13. Jahrhundert verschiedene Grundherren als Hofbesitzer wie das Kloster Scheyern oder das Kloster Thierhaupten. Seit 1475 gehörten die beiden Scheyrer Höfe den Freiherrn von Haslang vom nahen Haslangkreit. Im 16. Jahrhundert hat der Augsburger Stadtarzt Benedikt Fröschl sich dort einen kleinen Edelsitz eingerichtet, von dem noch der Hausname "Schlossbauer" zeugt. 1578 aber erwarb das Kloster St. Ulrich und Afra in Augsburg dort die meisten Anwesen und erhielt vom Herzog darauf die Edelmannsfreiheit. Das Aussehen des Schlosses um 1700 hat der Kupferstecher Wening in einer kleinen Ansicht überliefert. Ein Hof, vermutlich der "Haas", gehörte um 1750 zum Kloster Kühbach. Wegen drückender Schulden mußte das Kloster St. Ulrich und Afra 1777 seine Besitzungen in Stockensau wie im benachbarten Winden an den Münchner Bürgermeister Freiherr von Reindl verkaufen.
Beim "Schlossbauern" steht im Hof die alte Kapelle St. Jakobus.
Stockensau wurde 1818 Sitz einer politischen Gemeinde, zu der auch Winden gehörte. Sie kam 1972 zum Markt Kühbach.
